Fue liberado y llamado a Constantinopla en 821 después de que Miguel II (820-829) se convirtiera en emperador, pero no pudo llegar a un acuerdo con el nuevo gobernante para convocar un sínodo contra la iconoclasia. En cambio, parece que voluntariamente se exilió nuevamente en 823, primero al Monasterio de San Trifón cerca del Cabo Akritas al sureste de la ciudad, y luego a Prinkipo en las Islas Príncipe. Murió allí el 11 de noviembre de 826.
Parece que cuando murió el último emperador iconoclasta Teófilo (829-842), y tras el triunfo de la ortodoxia (843), Naukratios, el sucesor de Teodoro, pudo regresar al Monasterio de Stoudios.
Poco después, las reliquias de Teodoro y su hermano José de Tesalónica fueron trasladadas de Prinkipo a Stoudios el 26 de enero de 844 y sepultadas en la misma tumba que su tío y padre espiritual, San Platón.
Esto se hizo después de que Naukratios de Stoudios y Athanasios de Sakkudion recibieran el permiso del patriarca ecuménico Metodio y la emperatriz Teodora. A la llegada de las reliquias de los Santos a Constantinopla, una multitud de monjes, clérigos y laicos vitorearon de alegría. Y después de que fueron llevados al Monasterio de Stoudios, el Patriarca Metodio y otros dignatarios visitaron, aunque la emperatriz no pudo venir pero envió regalos. El patriarca mismo enterró las reliquias en su tumba. El cuerpo de San Teodoro se conservó íntegro e incorrupto hasta tal punto, que incluso se observó que su piel no había cambiado en los dieciocho años transcurridos desde su muerte.
